Nature News

Diskutera fysik, kemi, biologi, samt direkta tillämpningar såsom teknik och medicin.

Nature News

Inläggav Tryggve » tis 30 aug 2011, 16:13

Hittade ett par intressanta artiklar i senaste mailet från Nature News Highlights.

"Bacterium offers way to control dengue fever"

http://www.nature.com/news/2011/110824/ ... S-20110830

Samt

"Vaccines given a clean bill of health"
http://www.nature.com/news/2011/110825/ ... S-20110830
(denna artikeln omnämndes kanske i någon av vaccintrådarna)

Och även denna

http://www.nature.com/news/2011/110828/ ... S-20110830

"Halfway point for 1,001 genomes quest

Plant researchers map diversity of Arabidopsis thaliana."
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Re: Nature News

Inläggav Tryggve » tis 06 sep 2011, 14:08

Denna länk fanns med i ett av de senaste utskicken från Nature News, verkar mycket intressant, Har dock inte läst de två artiklar som det refereras till. Än

http://www.nature.com/ncb/journal/v13/n ... NCB-201109

TALEs from the genetic engineering of stem cells

Owing to the peculiar properties of their DNA-binding specificity, transcription activator-like effectors (TALEs) from the plant pathogen Xanthomonas can be engineered to bind virtually any DNA sequence. Jaenisch and colleagues exploit this property to drive targeted modifications in both human embryonic stem cells and induced pluripotent stem cells (Nat. Biotechnol. 29, 731–734; 2011), in which genetic engineering by homologous recombination is inefficient.
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Re: Nature News

Inläggav Tryggve » tis 06 sep 2011, 16:57

Heh, det vetenskapliga värdet av detta är väl kanske sådär, men som labbråtta så känner jag igen en del saker. Dock är det värre i USA än här i Sverige...

http://www.nature.com/news/2011/110831/ ... S-20110906

Själv tror jag inte att det skulle gå att driva ett lab på detta sätt i Sverige. Och det är nog bra...
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Re: Nature News

Inläggav Moridin » tis 06 sep 2011, 17:04

Det finns nog inget artigt sätt att fråga detta och i mitt försvar har jag hållit tillbaka denna kommentar i en hel vecka, men....

...har du funderat på att skaffa en WP blog?
Either you believe evidence that can be tested, verified, and repeated will lead to a better understanding of reality, or you do not. - Michael Specter
|AIDSTruth | Evidens för makroevolution | Skeptical Science|
Användarvisningsbild
Moridin
Avstängd
 
Inlägg: 16253
Blev medlem: tor 10 jan 2008, 11:32

Re: Nature News

Inläggav Tryggve » tis 06 sep 2011, 17:28

Moridin skrev:Det finns nog inget artigt sätt att fråga detta och i mitt försvar har jag hållit tillbaka denna kommentar i en hel vecka, men....

...har du funderat på att skaffa en WP blog?

Om fler intresserade ser det där så kanske det passar bättre, men jag är lite tveksam till det. Avsikten var mest att posta lite länkar med nyheter inom naturvetenskap, inom fält där jag själv är verksam, och kanske kan bidra med något som kan vara intressant.

Om admin inte tycker det passar så är det väl bara att ta bort tråden.
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Re: Nature News

Inläggav Anders » tis 06 sep 2011, 18:56

Tryggve skrev:
Moridin skrev:Det finns nog inget artigt sätt att fråga detta och i mitt försvar har jag hållit tillbaka denna kommentar i en hel vecka, men....

...har du funderat på att skaffa en WP blog?

Om fler intresserade ser det där så kanske det passar bättre, men jag är lite tveksam till det. Avsikten var mest att posta lite länkar med nyheter inom naturvetenskap, inom fält där jag själv är verksam, och kanske kan bidra med något som kan vara intressant.

Om admin inte tycker det passar så är det väl bara att ta bort tråden.
Jag tycker det är bra. Jag har själv inte tid, eller tar mig inte den tiden, att leta efter intressant artiklar. Forumet, inklusive du Tryggve, gör det så oändligt mycket bättre.
Maskirovka är en rysk militärteknisk term för metoder, verktyg, utrustning, med mera, som skall vilseleda en fiende i händelse av en konfliktsituation
Användarvisningsbild
Anders
 
Inlägg: 11010
Blev medlem: tor 02 dec 2004, 15:54
Ort: Stockholm

Re: Nature News

Inläggav Tryggve » tis 06 sep 2011, 22:17

Anders skrev:Jag tycker det är bra. Jag har själv inte tid, eller tar mig inte den tiden, att leta efter intressant artiklar. Forumet, inklusive du Tryggve, gör det så oändligt mycket bättre.

Tackar för det, Anders! Jag hoppas att det jag postar är intressant för andra (det var ju liksom avsikten med denna tråd :-) ). Jag försöker att posta saker som inte är alltför nischade/nördiga, utan även intressanta mer allmänt. Men jag vet också att jag inte är så duktig på det alla gånger...
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Re: Nature News

Inläggav Anders » ons 07 sep 2011, 07:07

Tryggve skrev: Jag försöker att posta saker som inte är alltför nischade/nördiga, utan även intressanta mer allmänt. Men jag vet också att jag inte är så duktig på det alla gånger...
Valkommen till klubben!
Maskirovka är en rysk militärteknisk term för metoder, verktyg, utrustning, med mera, som skall vilseleda en fiende i händelse av en konfliktsituation
Användarvisningsbild
Anders
 
Inlägg: 11010
Blev medlem: tor 02 dec 2004, 15:54
Ort: Stockholm

Re: Nature News

Inläggav Tryggve » fre 09 sep 2011, 16:19

Den här artikeln om USA:s satsning på "bio defence" efter terrorattackerna 2001 är rätt intressant.

http://www.nature.com/news/2011/110907/ ... E-20110908

Den menar att man till detta års slut (om jag fattar det rätt) kommer att ha satsat ungefär 60 miljarder dollar på olika former av bioförsvar, och tar upp olika aspekter av detta. Tanken att försöka ta fram vaccin mot 50 gifter och patogen som man bedömer som troliga att användas vid en attack är ett mycket ambitiöst projekt, och artikeln nämner också att 10 år kan vara väl kort tid att vänta sig resultat.
Andra menar att det är bättre att lagra upp med antibiotika och andra mediciner (jag antar att man menar antivirala mediciner där) för att ha en mer generell beredskap.
En hel del andra praktiska problem tas upp också.

Frågan är väl vad som händer med detta med budgetbekymren i USA.
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Re: Nature News

Inläggav Moridin » fre 09 sep 2011, 16:37

Känns ganska poänglöst om man inte även utvecklar metoder för snabb identifiering av infekterade individer. Lägg till problematiken med att det i fallet smittkoppor tar en period mellan 7-17 dagar från att bli utsatt till att uppvisa första symptom. Lång tid för människor att färdas, särskilt med interkontinental flygtrafik. Sedan finns det situationer där förhållandevis harmlös forskning kan ha otrevliga konsekvenser som bildandet av farliga virus vid forskning på preventionsvaccin eller s.k. smygande agens i genterapeutisk forskning för att undvika icke-acceptabla immunreaktioner. I den vetenskapliga litteraturen går det att få redan på en massa spännande saker om hur man optimalt gör biologiska massförstörelsevapen, som t. ex. partikelstorleken om man eftersträvar infektion i lungorna etc.

Man sitter nästan som på nålar och väntar på att någon galning släpper ut något som han eller hon suttit och kokat ihop i sitt garage.
Either you believe evidence that can be tested, verified, and repeated will lead to a better understanding of reality, or you do not. - Michael Specter
|AIDSTruth | Evidens för makroevolution | Skeptical Science|
Användarvisningsbild
Moridin
Avstängd
 
Inlägg: 16253
Blev medlem: tor 10 jan 2008, 11:32

Re: Nature News

Inläggav Tryggve » fre 09 sep 2011, 17:35

Moridin skrev:Känns ganska poänglöst om man inte även utvecklar metoder för snabb identifiering av infekterade individer. Lägg till problematiken med att det i fallet smittkoppor tar en period mellan 7-17 dagar från att bli utsatt till att uppvisa första symptom. Lång tid för människor att färdas, särskilt med interkontinental flygtrafik.

Jo. Det är väl bl a sådan utrustning man försöker ta fram som del av detta program, som jag förstår. Liten, och (reletivt) enkel utrustning för att snabbt kunna identifiera möjliga patogen. Både vid inpassering via t ex flygplatser (det är ju en del av kritiken i artikeln, att denna utrustning inte är effektiv nog, i alla fall första generationen), och för att kunna analysera misstänkta ämnen.

Moridin skrev:Sedan finns det situationer där förhållandevis harmlös forskning kan ha otrevliga konsekvenser som bildandet av farliga virus vid forskning på preventionsvaccin eller s.k. smygande agens i genterapeutisk forskning för att undvika icke-acceptabla immunreaktioner. I den vetenskapliga litteraturen går det att få redan på en massa spännande saker om hur man optimalt gör biologiska massförstörelsevapen, som t. ex. partikelstorleken om man eftersträvar infektion i lungorna etc.

Sant. Frågan är väl dock hur enkelt det är att göra det optimala domedagsviruset när det kommer till kritan, men sådan forskning är knappast något som basuneras ut i den vetenskapliga litteraturen...
Ändrar man en sak så brukar man ju påverka annat...

Moridin skrev:Man sitter nästan som på nålar och väntar på att någon galning släpper ut något som han eller hon suttit och kokat ihop i sitt garage.

Anthrax har väl redan förekommit i denna form, i någon mån. Gissningsvis så är det väl så att man försöker ha viss koll på vad privatpersoner köper på sig i form av labbutustning mm. Det var också ett möte för ett tag sedan där man diskuterade hur företag som syntetiserar gener på beställning ska kontrollera sina beställningar, och ha koll på vad det är som egentligen beställs.

Frågan är vad som är enklast för en ensam galning att göra, bygga en bomb, eller koka ihop sarin eller fosgen eller biovapen. Än så länge är det nog enklare att bygga en fet bomb.
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Re: Nature News

Inläggav Moridin » fre 09 sep 2011, 19:00

Frågan är väl dock hur enkelt det är att göra det optimala domedagsviruset när det kommer till kritan, men sådan forskning är knappast något som basuneras ut i den vetenskapliga litteraturen...


Man får leta ett tag, men de finns.

Serpinskiĭ OI, Kochneva GV, Urmanov IKh, Sivolobova GF, Riabchikova EI.. Construction of recombinant variants or orthopoxviruses by inserting foreign genes into intragenic region of viral genome. Mol Biol (Mosk). 1996 Sep-Oct;30(5):1055-65.

Sviatchenko VA, Agapov EV, Urmanov IKh, Serpinskiĭ OI, Frolov IV, Kolykhalov AA, Ryzhikov AB, Netesov SV. The immunogenic properties of a recombinant vaccinia virus with an incorporated DNA copy of the 26S RNA of the Venezuelan equine encephalomyelitis virus. Vopr Virusol. 1993 Sep-Dec;38(5):222-6.

Chepurnov AA, Ternovoĭ VA, Dadaeva AA, Dmitriev IP, Sizikova LP, Volchkov VE, Kudoiarova NM, Rudzevich TN, Netesov SV. Immunobiological properties of vp24 protein of Ebola virus expressed by recombinant vaccinia virus. Vopr Virusol. 1997 May-Jun;42(3):115-20.

Visst, det är artiklar på ryska i obskyra ryska tidskrifter med mycket låga impact factors (~0.6), men de finns där.

Forskarna i fråga har hittat regioner i vaccinias (en nära släkting till smittkoppor) genom där man kan sätta in externt genetiskt material utan att påverka virulens. Den andra artiklen beskriver hur man skapat ett chimärvirus av vaccinia och Venezuelan equine encephalomyelitis (VEE). Om VEE kan rekombineras med vaccinia kan det med allra största sannolikhet rekombineras med smittkoppor, som då skulle skapa en sorts dubbelagent, ett supervapen som skulle trigga båda sjukdomarna samtidigt. Motsvarande försök har tydligen gjorts med ebola och vaccinia. Nu har dessa forskare lagt fram förklaringar till varför de gjort och publicerats dessa försök, som t. ex. att undersöka egenskaper hos vaccinia eller att försöka forskar fram ett ebolavaccin, men vaccinia har alltid varit surrogat för vidare forskning på smittkoppor i det sovjetiska biovapenprogrammet och det är svårt att tänka mig en medicinska anledning för att bevara virulensen i vaccinia. Med utgångspunkt för att skapa biologiska massförstörelsevapen är det dock enkelt att föreställa sig varför man vill behålla virulensen i rekombinanta vaccinia (för att kunna göra samma sak i rekombinanta smittkoppor). Smittkoppor finns som bekant lagrade på VECTOR-institutet.

Nu kan det säkert finns metodologiska problem med att försöka skapa hybrider mellan t. ex. ebola och smittkoppor, vilket gör att projektet i slutändan kanske inte fungerar, men situationen ger i alla fall mig kalla kårar. Även om vi direkt köper den förklaringen som angetts och tänker oss att det här mestadels är incidier (vilket jag antar att det är) så krävs det inte ett geni för att tänka sig alternativa tillämpningar av den forskningen...
Either you believe evidence that can be tested, verified, and repeated will lead to a better understanding of reality, or you do not. - Michael Specter
|AIDSTruth | Evidens för makroevolution | Skeptical Science|
Användarvisningsbild
Moridin
Avstängd
 
Inlägg: 16253
Blev medlem: tor 10 jan 2008, 11:32

Re: Nature News

Inläggav Tryggve » fre 09 sep 2011, 19:58

Moridin skrev:
Visst, det är artiklar på ryska i obskyra ryska tidskrifter med mycket låga impact factors (~0.6), men de finns där.


Forskarna i fråga har hittat regioner i vaccinias (en nära släkting till smittkoppor) genom där man kan sätta in externt genetiskt material utan att påverka virulens. Den andra artiklen beskriver hur man skapat ett chimärvirus av vaccinia och Venezuelan equine encephalomyelitis (VEE). Om VEE kan rekombineras med vaccinia kan det med allra största sannolikhet rekombineras med smittkoppor, som då skulle skapa en sorts dubbelagent, ett supervapen som skulle trigga båda sjukdomarna samtidigt. Motsvarande försök har tydligen gjorts med ebola och vaccinia. Nu har dessa forskare lagt fram förklaringar till varför de gjort och publicerats dessa försök, som t. ex. att undersöka egenskaper hos vaccinia eller att försöka forskar fram ett ebolavaccin, men vaccinia har alltid varit surrogat för vidare forskning på smittkoppor i det sovjetiska biovapenprogrammet och det är svårt att tänka mig en medicinska anledning för att bevara virulensen i vaccinia. Med utgångspunkt för att skapa biologiska massförstörelsevapen är det dock enkelt att föreställa sig varför man vill behålla virulensen i rekombinanta vaccinia (för att kunna göra samma sak i rekombinanta smittkoppor). Smittkoppor finns som bekant lagrade på VECTOR-institutet.

Nu kan det säkert finns metodologiska problem med att försöka skapa hybrider mellan t. ex. ebola och smittkoppor, vilket gör att projektet i slutändan kanske inte fungerar, men situationen ger i alla fall mig kalla kårar. Även om vi direkt köper den förklaringen som angetts och tänker oss att det här mestadels är incidier (vilket jag antar att det är) så krävs det inte ett geni för att tänka sig alternativa tillämpningar av den forskningen...


Ah, ok. Där ser man. Låg impact och obskyra tidskrifter gör ju att man undrar över kvalitén, men det verkar ju i alla fall finnas artiklar då. Finns det nyare publikationer? Om inte så kan man ju spekulera åt båda håll, det har inte funkat, eller så fungerar det och då har man stoppat publiceringen av resultaten.

Dock verkar det ju lite konstigt att man inte har gått vidare med det om det faktiskt skulle kunna vara vägar att ta fram vaccin t ex mot ebola. Men det blir ju mycket spekulationer....

Att det troligen finns praktiska problem med att skapa hybrider kan man nog nästan utgå ifrån.

En sökning på PubMed verkar visa att det pågår mycket forskning med vaccinia för olika aspekter... Men det används som smittkoppsvaccin, så det är väl inte så konstigt att man även letar andra applikationer för det....
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Re: Nature News

Inläggav Moridin » fre 09 sep 2011, 20:13

Ja, det är ett problem. Även om vi förutsätter att det är artiklar om relevanta ämnet så är problematiken kring kvalitén viktig. Jag är inte ens säker på att tidskrifterna är strikt peer-review. Jag har inte lyckats hitta några nyare publikationer, men jag kollade bara några av författarnas artiklar på PubMed. Ja, precis, det blir mycket spekulativt och det finns nog rimliga anledningar att försöka forska fram andra applikationer.
Either you believe evidence that can be tested, verified, and repeated will lead to a better understanding of reality, or you do not. - Michael Specter
|AIDSTruth | Evidens för makroevolution | Skeptical Science|
Användarvisningsbild
Moridin
Avstängd
 
Inlägg: 16253
Blev medlem: tor 10 jan 2008, 11:32

Re: Nature News

Inläggav Tryggve » tor 15 sep 2011, 17:10

Tryggve skrev: Det var också ett möte för ett tag sedan där man diskuterade hur företag som syntetiserar gener på beställning ska kontrollera sina beställningar, och ha koll på vad det är som egentligen beställs.

Riktlinjer för detta. Det har väl hållits ett antal möten om detta, och det som går isär är väl åsikter om hur screening ska ske. Med mjukvara, eller om det ska vara människor som kolla upp.

http://www.phe.gov/preparedness/legal/g ... fault.aspx
Användarvisningsbild
Tryggve
Forummoderator
 
Inlägg: 8846
Blev medlem: mån 18 apr 2005, 23:03
Ort: Mölndal

Nästa

Återgå till Naturvetenskap och teknik

Vilka är online

Användare som besöker denna kategori: Inga registrerade användare och 1 gäst